وبلغت العلاقات بين البلدين ذروة التوتر عام 1996 عندما اكتشفت البحرين، تنظيما سريا باسم حزب الله البحرين، وأن المراد منه التآمر لقلب نظام الحكم، وأنهم تلقوا تدريبات في طهران.

واتخذت عقب ذلك قرارا يقضي بتخفيض مستوى العلاقات الدبلوماسية مع إيران إلى درجة قائم بالأعمال بعد ما تم رفع المستوى عام 1991 إلى سفير.

عام 2011 تزايد أتون الإرهاب الإيراني في البحرين منذ 2011 بشكل كبير، مع محاولات إيران المستمرة باستغلال البعد الطائفي في البحرين سواء على الصعيد السياسي، أو الاقتصادي، أو الاجتماعي، لتنفيذ أغراضها التوسعية بالمملكة الخليجية.

والتي تراوحت ما بين استهداف أمن الوطن واستقراره باستخدام الأسلحة والمتفجرات، وصولا لزعزعة النظام والإضرار بالمصالح الاقتصادية والتأثير على مسيرة التنمية الوطنية.

وقامت إيران حينها بتأسيس جماعات إرهابية في البحرين، ترتبط مباشرة بالحرس الثوري وحزب الله الإرهابي، حيث حرصا على توفير الدعم المالي والإسناد بالأسلحة والمتفجرات لهذه الفصائل، ما نتجت عنه أعمال إرهابية منذ عام 2011 وما كان منها موجها ضد رجال الأمن حيث بلغت تضحياتهم 19 شرطيا.

في أكتوبر 2015، قررت البحرين سحب سفيرها من إيران، "في ظل استمرار التدخل الإيراني في شؤون مملكة البحرين، دون رادع قانوني أو حد أخلاقي، ومحاولاتها الآثمة وممارساتها لأجل خلق فتنة طائفية، وفرض سطوتها وسيطرتها على المنطقة".

وكانت النيابة العامة البحرينية قالت، في مارس من العام نفسه، إنها ضبطت معدات لصنع القنابل خلال تهريبها من العراق، على متن حافلة ركاب، من أجل استخدامها في هجمات في البحرين.

وكشفت في سبتمبر 2015 عن مصنع كبير لصنع المتفجرات، واعتقلت عددا من المشتبه بهم "على صلة بالحرس الثوري الإيراني".

وأعلنت وزارة الخارجية البحرينية، حينها، أن القائم بالأعمال الإيراني في البحرين "شخص غير مرغوب به، وعليه مغادرة البلاد خلال 72 ساعة".

وفي يناير 2016، قطعت البحرين العلاقات الدبلوماسية مع إيران، بعد يوم من اتخاذ السعودية القرار نفسه، في أعقاب اقتحام محتجين سفارة الرياض في طهران.

وحتى مارس 2016 أنهت نيابة الجرائم الإرهابية بمملكة البحرين التحقيق في 37 قضية إرهابية تتعلق بالعام 2014 و 2015، شملت تنفيذ تفجيرات والتخطيط لأعمال إرهابية واستدراج رجال الأمن وقتلهم، والجدير بالذكر أن جميع هذه الحوادث كانت خلايا وتنظيمات إرهابية قد تلقت تدريبات عسكرية في إيران.

ولم يراع النظام الإيراني النهج الذي تقوم عليه مملكة البحرين، والذي يرتكز على السلام والتسامح الديني واحترام المواثيق الدولية وعلاقات حسن الجوار. وعملت إيران من خلال دعم التنظيمات الإرهابية إلى إلحاق أضرار اقتصادية بالبحرين.

وتم استهداف أكثر من 200 مؤسسة تعليمية ومنشآت حيوية، كمحطات الكهرباء وأبراج الاتصالات والحدائق العامة والبنوك التجارية، وقطع الطرق على الشوارع التجارية.